Я получала отказы и когда отправляла одну рукопись - и когда две-три. А вот согласие - причем, в двух разных издательствах - так уж получилось, что получала именно тогда, когда отправляла всего одну рукопись.
Правда, в сопроводительном письме будет не лишним указать, что "в работе" сейчас находится еще одна (две, три) книги в том же жанре и стиле (или в другом).
Большинство издательств, как я понимаю, интересует не столько то, что в принципе имеются две рукописи (тем более, кто знает, за какой срок они написаны - может, за десять лет, и это никак не может служить показателем работоспособности), сколько то, что автор вообще продолжает писать. Утверждение книги процесс долгий, и если первая рукопись понравится, редактор вполне может в процнссе переговоров уточнить, когда будет готова вторая книга, как она будет называться, попросить прислать синопсис - и все это вставить в заявку на утверждение.
Все сказанное не касается Эксмо - у этого издательства действительно есть тенденция, по крайней мере, в детективном жанре, одну рукопись даже не рассматривать, брать рукописи только по две-по три. Знаю также случаи, когда автору говорили (в этом издательстве) "Да, мы возьмем, если вы напишете еще один-две романа в похожем ключе". Автор судорожно начинал писать - а через полгода выяснялось, что серия закрылась и его романы не возьмут.
В других же издательствах количество рукописей не является "определяющим", так что советую посылать то, что есть.